C’est là, au BCRA, que Jean Moulin le choisit pour être parachuté avec lui et Hervé Monjaret au dessus des Alpilles lors de cette fameuse nuit du 1^er au 2 janvier 1942, point de départ de la « mission Rex ». Et le détache d’abord, comme officier de liaison de la France libre, auprès du mouvement de résistance Combat. Basé à Lyon sous le pseudo de Sif, Fassin va s’entourer d’adjoints qui prendront les pseudos de Sif Prime, Sif bis, Sif 2, Sif 5 et jusqu’à Sif 10.

Ensuite, Jean Moulin va très vite le charger d’organiser un Bureau des opérations aériennes et maritimes (B.O.A.M), qui deviendra ensuite Service (S.O.A.M) puis Centre d’opérations de parachutage et d’atterrissage (C.O.P.A) - dont Fassin sera le chef national - et enfin Service des atterrissages et parachutages (S.A.P), tout ceci en liaison avec la Royal Air Force, pour des vols clandestins de nuit.

Fin 1942, lorsque les mouvements s’unissent dans les Mouvements Unis de la Résistance (M.U.R) et que se crée l’Armée secrète, Moulin lui confiera en outre une mission de coordination des six régions (R1, R2…) des trois grandes zones Est, Centre et Sud de la zone Sud. Mais au printemps de 1943, Fassin, qui est passé capitaine en septembre 42, est considéré comme « brûlé » en zone Sud et Jean Moulin, qui l’appréciait, envisage sérieusement de le faire repartir pour l’Angleterre. Mi-juin, Fassin rejoindra effectivement, par un vol clandestin de nuit, Londres et le B.C.R.A - où il se présentera le … 18 juin 1943.